При начальной загрузке остатков можно сделать так:

1) Если до SAP партий у какого-то материала не было, а теперь есть: создать через MSC1N для материала одну партию (например, INITIAL) и указывать ее для загрузки остатков (тем самым будет понятно, что запас в этой партии - перенесенный из старой системы).
.