Здравствуйте. Помогите пожалуйста, как связать 2 таблицы: EKPO и RM06E?

RM06E - не таблица, а структура полей для ввода/вывода закупочных документов, ее ни с чем связать нельзя.

Какая задача стоит в целом?

Задача в том что, при печати договора надо добавить в отчет long text (по моему Ltext1), а это находится в структуре RM06E.
А все остальные поле из таблицы EKPO.

Почитайте FAQ по MM, второй раздел.
Там написано, как доставать длинные тексты.