Предположим, что человеку по штатному расписанию положен основной вид и надбавка. Через нормативную оплату для штатной должности можно описать только основной вид. Как быть с надбавкой. Куда ее можно запихнуть, чтобы она тянулась в основные выплаты, когда мы их создаем для сотрудника?

Почему только основной?
В штатной должности ты прописываешь Тарифную группу и тарифный уровень.
А в это понятие может попадать сколько угодно выплат. И оклад и надбавка и что угодно.
что в Т510 пропишешь, то и будет.

А если в назначении надбавки никакой логики нет. Т.е. ее наличие процесс сугубо индивиудуальный для штатной должности. Как выйти из этой ситуации?

Ну тогда похоже подойдет ответ "бардак автоматизировать нельзя"...

Единственный вариант таки привязать тариф! Но дать возможность корректировать сумму надбавки в установленных пределах (через Т710).
Но это уже в сотруднике происходит, а не в должности.
Еще вариант все таки оценить количество "вариантов" какая то логика все равно должна присутствовать. Речь же не о сотрудниках идет (там бардак нормальное положение вещей. Кто сколько наклянчил, тому столько и дали) а о штиатных должностях. Там все же бардак ограниченный должен быть.

Для хранения таких надбавок можно использовать ИТ1015 Планирование затрат.
Но стандартно в ИТ0008 конечно ничего подтягиваться не будет.
Надо писать модуль косвенной оценки.