Тут сложно дать простой ответ, типа "сделай так-то", так как все очень сильно зависит от особенностей настройки вашей системы, которые не озвучиваются. Я покажу как примерно это должно двигаться, а дальше копайте сами.
В чем особенность межрасчета типа B, каким является межрасчет увольнения? Он может пересчитывать прошлые периоды, но при этом не должен вносить изменения в их расчет
Это связано с тем, что пересчеты за прошлые месяца еще нужно будет показать в регулярном расчете. Поэтому, когда межрасчет увольнения заканчивает перерасчет прошлого месяца, то выполняется функция RUCDT с параметром COL. Она вычисляет дельты по всем ВО между новым и старым расчетом, дельты сохраняет в структуру RUCDT, а таблицу RT возвращает в состояние старого расчета (новый вариант RT для отчетов сохраняется в таблице RURT).
Далее, межрасчет доходит до текущего месяца, и здесь, после расчета всех начислений, происходит обработка структуры RUCDT, где накопились все дельты пересчетов (функция RUCDT с параметром PRC, управляется 75 классом обработки). Тут интересно то, что сюда приходят все дельты. Если у нас при пересчете изменился отпуск, то придет дельта отпуска. Отпуск - это облагаемый ВО, он должен был изменить базу налога в месяце пересчета. Но для базы налога есть свой механизм переноса баз (68-й класс обработки). Он мог вмешаться, вычислить дельту сам и принести ее через свой механизм (GRT), либо нет, тогда дельта базы придет через RUCDT. С помощь. 75-го класса мы можем либо перенести дельту в текущий месяц, либо отбросить.
Вернемся к дельте отпуска. Например, если мы ее пропустим в расчет как обычное начисление, причем без замены ВО, то эта дельта пройдет как отпуск текущего месяца и попадет в кумуляции текущего месяца, в том числе и в базы налога. Но ведь дельта базы шла отдельно, и она тоже будет обработана! Отсюда и задвоение базы.
Я сейчас даже не скажу, как должно быть штатно. В разных компаниях по разному настраивают. Скажу лишь, что штатно при переносе дельты из RUCDT должна производиться смена ВО на ВО типа X*** (настройка T51P1, индикатор O5). Это кстати еще на отчет 2НДФЛ влияет, при попытке получить справку 2НДФЛ по межрасчету увольнения.
А так нужно смотреть/читать настройки и добиваться тог, чтобы дельты при переносе учитывались один раз.