Ага! А потом ждем когда запустятся джобы в клонированной системе и радуемся как она лезет в продуктив!

Не полезут, если профили поправить. Ну только если джоб кладет какие-то данные в другую продуктивную систему по rfc. Как вариант от этого можно RFCATTRIB поправить. Как я понимаю в secstore
пароли станут инвалидированными, соответственно rfc отвалятся. Да и вообще, данную копию можно запустить и выполнить весь постпроцессинг изолированно.
Интересно совпало, как раз сегодня сделал PRD > QAS клонированием и переименованием SID-ов через SAP Software Delivery (system rename).