Можно ли при формировании заказа клиента вручную задать % НДС через какое нибудь условие, а затем при проводке с/ф как то связать данное условие с кодом НДС в FI?

Проще создать специальный вид позиций, по которому делать цены/скидки статистическими в схеме калькуляции, таким образом, в расчете стоимости активным останется только НДС, который затем благополучно доскачет до FI.