Здравствуйте, уважаемые коллеги!

В компании необходимо автоматизировать процесс учёта доходного договора по следующей схеме:
один договор - много заказов - много поставок (поставка 1 к 1 к заказу) - одна фактура.

Например: договор заключают с одним закачиком в головном предприятии (БЕ1) = Сбытовая организация (СО1) , исполнение будет производиться на разных филиалах(БE*) = (СО*). Создание заказов и поставок происходят на филиалах. При этом на основании множества поставок должна создаваться одна фактура, которую будут проводить в головном предприятии(БЕ1).

Заранее благодарю за помощь!

Не понятно, кто у вас кому какие фактуры выставляет.
В треугольнике Головная БЕ, Филиал, Клиент возможны разные варианты взаимоотношений, например:
1. Филиал - владелец товара, есть транзитное выставление фактур: Головная БЕ -> Филиал -> Клиент за товар.
2. Филиал осуществляет ответственное хранение товара или работает по агентской схеме, тогда есть фактура Головная БЕ -> Клиент за товар и Головная БЕ -> Филиал за услуги.

Договор заключается в головном БЕ, услуга предоставляется в филиалах (других БЕ) а фактуру выставляет головной БЕ на основе выполненных услуг в филиалах (других БЕ) проблема в том, что при создании фактуры на основе поставок система формирует отдельные фактуры,а раздельный анализ показывает, что разница идёт из-за разных БЕ.

технически напрашивается в рутине переноса данных подменять сбытовую на сбытовую головной БЕ. не вылезет ли такой метод боком, например, в отчетах - следующий вопрос, который должен заинтересовать.

Вариант 1: если сделано стандартом, то в сбытовом контракте указана головная СбОрг и БЕ. Соотв. они же будут и в последующих заказах к этому контракту, которые создаются на филиалах, но в позициях будет завод филиала (см. описание функционала внутреннего перерасчета). Поставка пойдет с пункта отгрузки филиала. Даже если контракта нет, и сделано где-нибудь в DMS напимер, то принципиально ничего не меняется - заказы физически создаются на филиале, в качестве СбОрг указывется головная, а в позиции - завод филиала.
Вариант 2: использовать списки счетов-фактур для печати документов

У нас похожая картина, но несколько отличается: заводы-филиалы сами фактурируют.
В вашем случае не понятно, как вы хотите сделать фактуру по одной БЕ, если события материального мира происходят в других БЕ?
Я так понимаю, возможны варианты:
1. БЕ-филиалы продают через какие-нибудь 79-е счета весь товар головной БЕ, тогда головная БЕ сможет все это продать со своего баланса.
2. Пересмотреть вместе с клиентами схемы фактурирования, чтобы филиалы выставляли фактуры за свои отгрузки. Может не очень понравиться клиентам, хотя может и упростит процессы сверки.
3. Реинжиниринг всей системы в части оргструктур: слияние головной и илиальных БЕшек в одну. Может быть организационно очень тяжелым занятием, но по сути это самое правильное.
...
4. Возможен еще такой вариант, когда все материалы и продукция на складах филиалов принадлежат балансу головной БЕ, а филиалы оказывают головной БЕ услугу. По сути, схема с давальческим сырьем, только внутри попиленного на несколько БЕ одного юрлица.

Коллеги!

Настроил процесс следующим образом:

Договор по услугам(использую не складируемый материал ) формируется в модуле DMS головной БЕ, далее в заказе в заголовке указывается БЕ головная, а в позициях заказа заводы присвоенные к БЕ разных филиалов(каждый филиал -БЕ). Формируется сводная фактура, где указана головная БЕ.

Возник следующий вопрос - при сохранении с\фактуры SD и при формировании автоматической проводки FI-документов, необходимо чтобы, в бух документе(ах) на головном БЕ отображался доход, а на БЕ филиалов формировались бух документы взаиморасчетов, головного БЕ с БЕ филиалов,где была предоставленна услуга?

см. настройку "Автоматическая проводка по кредиту через SAP-EDI" и документацию к ней в разделе "Внутренний перерасчет".