Есть потребность отображать в конфигурации материала Признак1 в зависимости от сбытовой организации менеджера заказа в CRM.

Подскажите, как можно через Отношения прописать данное условия?

В предварительном условии для значения признака прописать что-то типа

Нет признака: VKORG_CHARACT. Сбытовая организация - это ж не признак, её нужно проверять по табличному значению сбытовой в торговом документе

Ну значит добавить ссылочный признак, который будет заполняться кодом сбытовой орг.
Или использовать функции (CU65), или может просто врезаться в экзит для F4 к полю.
Вариантов много, зависит от тонкостей в постановке задачи.
Вы спросили про отношения - это самый простой пример использования отношений для ограничения признаков и их значений.