Имеется контракт с конфигурируемым материалом.
В конфигурации материала в контракте двум признакам установлены значения вручную.
При создании заказа со ссылкой на контракт CUOBJ копируется из контракта.
При просмотре конфигурации материала в заказе значения признаков правильные (как в контракте).
Однако при расчете цены передаются другие значения (как по умолчанию).
Из-за чего это происходит?
Как нибудь можно это побороть?

Не должно такого быть. Где-то собака порылась.
1. Посмотрите в таблице БД, какое реально значение хранится для признака. Может такое быть, что видите одно, а на самом деле значение другое. Есть такие очень редкие ситуации.
2. Чтобы не гадать, я бы посмотрел в отладчике считывание конфигурации в момент расчета цены.

Ф.М. VC_I_GET_CONFIGURATION для CUOBJ из заказа дает правильные значения.

В отладчике удалось обнаружить, что сначала там правильные значения, затем выбираются значения признаков для какого-то совсем постороннего CUOBJ, в котором совсем другие значения.

По номеру этого "левого" CUOBJ в таблице VBAP было найдено большое количество документов, в основном первичная потребность клиента.
Зачем выбирается этот CUOBJ для нового расчета - загадка.

Желательно избежать перерасчета.

В отладчике выяснилось, что новый CUOBJ для расчета цены берется из таблицы MARC, т.е. это конфигурация материала по умолчанию.
И это не смотря на то, что документ создается копированием с предыдущего документа с сохранением исходного CUOBJ.
Бред!

Возможно, такая логика для признаков предусмотрена в SAP только при определенных условиях, которые выполняются как раз на конкртеном примере. OSS смотрели, может просто докрутить что-то надо?