Всем доброго времени суток!
Кто нибудь сталкивался с такой ситуацией когда пользователи создавая исходящие СФ, и она отобразилась не только в нужном документе так же и в другом, СФ сторнировали, но она все равно отображается как проведенная. Теперь вопрос можно ли данную СФ "отцепить" от документа исходящей поставки, чтобы дальше отсторнировать отпуск материала, и удалить ИП.

Я так понял, вы одну неконсистентность "СФ сторнировали, но она все равно отображается как проведенная" решили лечить созданием второй неконсистентности "можно ли данную СФ "отцепить" от документа исходящей поставки".

Такое решение кажется сомнительным.

Что конкретно значит "отражается как проведенная"?
Каковы значения VBRK-VBELN VBRK-RFBSK SFAKN-RFBSK VBRK-FKSTO у основной и сторнирующей фактуры?

Основная СФ
VBRK-VBELN – 90036521
VBRK-RFBSK – C
VBRK-FKSTO – X
SFAKN – пусто

Сторнирующая СФ
VBRK-VBELN – 90036575
VBRK-RFBSK – C
VBRK-FKSTO – пусто
VBRK- SFAKN - 0090036521

Записи VBRK выглядят корректными.
Осталось понять, в чем видите проблему вы, т.е. что означает ваша фраза

когда смотрим поток документов она не показывает сторнирующую счет фактуру.
к стати простите забыл сказать СФ создается через Z-программу которая формирует СФ. возможно все из за этой программки.

Ну что могу сказать, поток документов строится по таблице VBFA.
У вас ошибка воспроизводится или нет?
Если воспроизводится, сделайте в системе разработки два примера документа с одной позицией:
1. фактура создана вручную, поток документов нормальный
2. фактура создана из z-программы, поток документов битый

Дальше с этим к ABAP разработчику для увлекательной игры "найди 10 отличий".
Опять же, можно будет сравнить для этих двух примеров vbrp/vbrk/vbfa в se11, это может навести на мысли.