Стандартно скорее всего никак, т.к. разница появляется не только в итоговой стоимости или НДС, а во всех ВУ из схемы. А они могут быть какими угодно (расчет от цены с НДС, или от цены без НДС, или "внешний" расчет когда есть итоговая стоимость, ну и т.д.), и рассчитваться по разному (от кол-ва, фиксированно, от фаз луны и т.п.). И поэтому SAP в фактуре сделал самый универсальный алгоритм, который смог придумать - база ВУ при сплите фиксируется, а новая сумма вычисляется как база умноженная на частное от нового и старого количеств (если очень упрощенно описывать).

Поэтому только Z, только хардкор. Причем, как я сказал, очень многое зависит от схемы калькуляции. Но в целом как-то так: добавить в схему новый ВУ, который появляется только в фактуре, и когда кол-во не совпадает с заказом. В формуле анализируется поток документов, и в результате ВУ становится равным (+0,01), (0,00), или (0,01) руб. По факту скорее всего будет гораздо сложнее, т.к. надо будет еще учесть округления при расчете НДС, и его тоже скорее всего надо будет ровнять аналогичным алгоритмом. Плюс учесть чтобы новая итоговая сумма билась с промежуточными (по которым может идти кредитный контроль, отчетности всякие собираться и все прочее, что выдумали разработчики в схеме).

Короче, говорите, что исправить практически нереально. А если будут настаивать, то сначала попросите формализовать такие ситуации, как:
1) Продается 2шт товара за 1коп, двумя отгрузками. Что должно быть в фактурах?
2) Договорная стоимость 1т товара 333руб. Отгрузили 1000кг, какая цена и стоимость должна быть в фактуре?
3) К заказу могуть быть сверхпоставки или, наоборот, недопоставки - как посчитать, какая сумма в фактурах будет "правильной"?
ну и т.д., кол-во примеров ограничено только степенью извращенности фантазии )))

Так у вас две фактуры по одной позиции заказа, или просто в одной фактуре две позиции (например, при разделении партий)?
Если первое - то групповое условие не поможет, и справедливо все описанное в пред. сообщении.
Если второе - то все немного проще и можно решить через групповое условие, а может даже через стандартные настройки.