Ну просто в закупках сторно реализовано по принципу создания кредитового авизо, сами позиции не выравниваются, в документе сторно прописывается в поле REBZG ссылка на исходный документ. Создать фактуру без аналогичного документа на стороне финансовой бухгалтерии, таким образом, невозможно. Либо имеем и закупочную, и FI, либо ни одной.
В сбыте создается фактура, а после этого она деблокируется для бухгалтерского учета. При возникновении ошибок (открытость периода, наличие выровненных позиций и пр.) фактуру-сторно создается, но не деблокируется для бухгалтерского учета (RW-интерфейс не запускается). Такая двухступенчатость процесса может привести к описанной ситуации.
Проверить наличие выровненных позиций в исходном FI-документе, соответствующем SD-фактуре, таким образом, можно где-нибудь на стороне user-exit.
Например, можно попробовать SDVFX009. Хотя он используется не совсем для этого, но можно там выкинуть E-сообщение. Номер исходной сбытовой фактуры там есть, а по нему можно найти FI-документ и проверить BSEG.

Спасибо за ответ, по технической реализации понимание есть. Мне не понятно почему бух док создается (деблок для ФАЯ), я подразумевал что объект сбыта (СФ) создастся, я бух док нет, то есть выпадет в ошибку vfx3.

Касательно UE спасибо, это вариант пока держу, если стандартном нельзя, планирую через проверки без абапа поставить проверку в fi (ggb0) ну или экзит уже в сбыте чтобы даже не дать создать СФ.

Проблема как раз таки в том, что при выравненном сф (бух документе), система создает сторно СФ и сторно бух дока(проверенно). Так и должно быть по стандарту в этом вопрос?

Добрый день, коллеги, в данный момент если сф(бух док) уже выравнен, система без проблем дает сторнировать, при этом в новом бух документе сторно не прописывает ссылок.
Можно ли настроить стандарт так, чтобы система НЕ давала выполнить сторно СФ если он(бух док) выравнен?
.

Поройтесь в списке стандартных правил копирования, которые присваиваются к виду фактуры в VOFA.
Вот, например, 129 "Сторно вырав. (общ.)"

Присоединяюсь, настройка очень полезная.

Даже не знал, что у вида фактуры есть расширенный ракурс настройки.

Позволю себе не согласится Это скорее не настройка, а стандартные user-exits которые можно включать и выключать, у этого подхода свои минусы в отличии от настроек в классическом их представлении.