Добрый день!
Подскажите, пожалуйста, на что влияет галка, проставленная в РР-заказе в поле конечная поставка?

Если галка стоит, то считатается, что "открытое количество" - т.е. то, что еще должно поступить по заказу (как разница план-факт) уже не поступит. Поэтому по умолчанию в MIGOуже не сделаешь приход к заказу (если не стоит галка показывать все позиции) и в ППМ заказ и его потребности не учитываются.

Небольшое уточнение - не "уже не поступит", а "не ожидается поступить", но может.
Также, насколько помню, пр этом физическая дата установки этого индикатора записывается в AFPO-LTRMI. Иногда эта дата сильно влияет на расчет коллекторов (если заказы переходящие на другой период), с этим был прецендент.