Значение заполняю в EXIT шага в событии BEFORE_CREATE или CREATED.
Сам шаг диалоговый.
При этом выполняется условие выхода из ЭПО и диалог пропускается.
Проверяю лог: значение конейнера ЭПО заполнено правильно, но в поток не передалось ничего.
Так и должно быть, что при условии выхода из ЭПО значения не передались в поток?

это на вкладке методы?
предлагаю сделать по другому:
перед диалоговой задачей вставьте условие, елси выполниться то пойдете по пустой ветке, если нет, то пойдете на ветку с диалоговой задачей.

Заранее прошу прощения, если речь идет не о том. )