Описанная Вами ситуация - это раздельный учет "входного" НДС (п.4. ст.170). Кроме указанного Вами критерия есть положения абз. 9 п. 4 ст. 170.
Цитата:
Налогоплательщик имеет право не применять положения настоящего пункта к тем налоговым периодам, в которых доля совокупных расходов на производство товаров (работ, услуг), имущественных прав, операции по реализации которых не подлежат налогообложению, не превышает 5 процентов общей величины совокупных расходов на производство. При этом все суммы налога, предъявленные таким налогоплательщикам продавцами используемых в производстве товаров (работ, услуг), имущественных прав в указанном налоговом периоде, подлежат вычету в соответствии с порядком, предусмотренным статьей 172 настоящего Кодекса.
В Вашем случае происходит превышение 5% лимита в структуре расходов?