Подскажите, пож-та, как быть, если НДС относится сразу на себест. Есть станд. код PI - невозмещаемый НДС.... без привязки к счету. Если делать, например, сч-фактуру, ставить PI, то ничего не выделяется, а в книге покупок сумма налога стоит в гр."Непрсв.налог", а база - в гр.Осв. от налога". Это правильно?

Нет, это не правильно, в вашей ситуации код налога в книгу покупок вообще попадать не должен. Проверьте, не прописан ли он таблицах: (T007K) - таблица для группирования сальдо базы налога, (T007L) - таблица для группирования сальдо налогов.

из таблиц можно его убрать -тогда, что в док-те, вообще кода НДС не ставить? А если ставить, то зачем?
кто-нибудь как-то решал эту задачу?

Ну, с точки зрения проводки в ГК - все равно ставить PI,PH или нет. Но при прописанном коде НДС в документе расчитывается база и сумма НДС (см нал данные в документе). А это может потребоваться при печати платежного поручения, например.

1) По поводу прописывать или нет код НДС в таблицах T007k, T007l в данных таблицах необходимо указывать только коды НДС которые участвуют в формировании Налоговой декларации, книг покупок/продаж т.е. так называемые оплаченные коды, которые стоят в позициях по 68 счету.
2) Ставить или нет код НДС в проводке, будет зависеть от того, что хотят ваши бухгалтера. Если они хотят выделения на 19 счете по указанной операции то тогда нужно ставить но при этом возникнет следующий вопрос: какой 19 использовать, в какой момент с этого 19 сумма НДС должна быть списана на 32.
Если же в выделении НДС бухгалтер не заинтересован тогда код НДС не нужен, а платежку можно напечатать и с использованием ТАП