Есть одно юр. лицо, у которого есть несколько розничных магазинов. В системе активирован ритейл. Все операции по операционным кассам идут через POS системы и переливаются в САП итоговыми проводками в конце дня по счетам ГК одним документом в целом по магазину. Встал вопрос, как печатать кассовую книгу по организации (КО-4)?

Насколько я понял, есть следующие особенности:
1) в конце дня выручка из операционных касс обязательно должна перед инкассацией проходить в кассу организации и соответственно для этого надо печатать КО-1
2) инкассация должна проходить обязательно из кассы организации, соответственно на неё надо печатать КО-2 (т.е. инкассировать из операционной кассы и забить на кассовую книгу нельзя)
3) по обособленным подразделениям (магазинам) надо (или можно) печатать кассовую книгу отдельно (т.е. РКО и ПКО нумеровать отдельно в рамках подразделения)

Решение задачи видится следующим образом:
А) Принять в учетной политике ведение отдельных кассовых книг по подразделениям (магазинам). Т.е. ПКО, РКО нумеровать отдельно по каждому подразделению.
Б) Оставить переливку итоговых проводок в конце дня так как она есть сейчас (Дт 50.01 \ Кт 50.02 итоговой суммой по счетам ГК), при этом нумеровать ПКО и РКО в POS системах и передавать номер в поле "Ссылка" с префиксом = номеру магазина в системе. Т.е. например, РКО по магазинам М01 и М02 будут нумероваться:
М01\001
М01\002
М02\001
...
В) И наабапить программу, которая будет по всему этому делу печатать кассовые книги.

Кто как решал эту задачу на своих проектах?

Использовать стандартный FBCJ, стандартные программы печати.
Создать касс столько, сколько магазинов.
Интерфейсами загружать данные не в главную книгу а в FBCJ , которая и сгенерит проводки в ГК , позволит печатать РКО,ПКО и книги.