Подскажите, как программно связать счет-фактуру поставщика и документ оплаты

Через документ выравнивания. У фактуры и у оплаты в полях BSEG: REBZG REBZJ REBZZ - ссылка на документ их выравнивания.

Про эти поля я знаю. Но они пустые для выровненных документов(4.0).
Есть еще поле AUGBL- номер документа выравнивания. Вот в нем есть номер документа выравнивания. Мне кажется поиск по этому полю bseg-а будет очень долгим, наверное, лучше тогда использовать BSAK.
А вот как быть с частичными оплатами и выравниванием?

Извиняюсь, это конечно же ссылка используемая при частичных оплатах. А так ты правильно мыслишь, только не BSID (там открытые позиции), а BSAD, BSAK и BSAS для дебиторов, кредиторов и ГК соответственно. Еще в 4.6 есть BSE_CLR, там вроде было побольше интересной информации.

Да к сожалению BSE_CLR появилась только в версии 4.6, причем при переходе с 4.0 на 4.6 эта таблица не заполняется даными существующих выравниваний. Может кто-нибудь знает стандартную утилиту которой это можно сделать? А то самому писать вломы, да и можно обжечся.

Кстати, поиск по полю AUGBL не такой уж и долгий, как может показаться. НАдо только вначале перегнать весь BSEG во внутренню таблицу с ограничением по, например, БЕ + году (если идеология позволяет), и потом по ней искать. Получается довольно недолго.