Есть позиция кредитора, которая попала в прогон платежей. На уровне документа у этой позиции указано, что Payment order created, соответственно BSEG-XPYPR = 'X'. Однако в таблице pyordp нет этой позиции.
Стандартная программа просмотра\удаления платежного поручения тоже не видит платежного поручения для этой позиции. Кроме того, эта позиция есть а таблице BSIK, но BSIK-AUGBL - пусто и BSIK-AUGDT - пусто.

Платеж, проведенный при загрузке банковской выписки, соответственно, тоже не выровнялся автоматом, теперь нужно вручную выровнять платеж с этой позицией, но из-за индикатора BSEG-XPYPR = 'X' это сделать нельзя.

Может кто-то сталкивался с подобной проблемой, подскажите пожалуйста возможные варианты решения.

Похоже, у вас что-то разработано некорректно, если есть метка XPYPR, то должна быть платежка. Проверьте по дрилл-даун куда уходит из финансового документа, есть ли в том прогоне тот номер платежного поручения. Чудес не бывает.

Если уж совсем точно перепроверите что это ошибка, то в SE16n снимите метку известными способами.
Выровнять позиции с меткой можно только через интерпретационный алгоритм, пока не снимете метку никак не выровняете платеж.

При проваливании в payment order created выходит ошибка FZ084:
Short Text
No payment orders exist for this selection

Diagnosis
No payment orders exist for the selections made. This may be because the relevant account statement has already been imported.

Полномочий на SE16n в продуктиве нет, полномочий на изменение переменных в отладчике тоже.
Есть ли более менее стандартные способы решить проблему?

В таблице PYORDP платежки, если я не ошибаюсь, удаляются после разноски. Не могло быть такой ситуации, что Вы все-таки разнесли вторую область, платежка удалилась, позиция была выровнена, но выравнивание было отменено? Проверьте в истории изменений по платежной позиции: не наследила ли система в поле AUGBL?

Если это все-таки не так, то тогда у меня последняя версия: при разноске банковской выписки система нашла нужную платежную позицию по номеру платежки, инициировала процесс выравнивания, платежка была удалена, но выравнивание по какой-то причине не прошло. Какое-нибудь дикое стечение обстоятельств, ошибка апдейта, вход кого-либо в выравнивание по данному контрагенту, который повлек за собой блокировку, или что-нибудь еще.

Если номер платежки известен (его можно отыскать в REGUH) и она точно уходила в банк (проверьте, вернул ли банк инфу об оплате по данному поручению), то можно попробовать хитрый ход в стиле форсажа 7: заполните информацию о платежке и о ее связи с платежной позицией (таблицы pyordh и pyordp) вручную, после чего выполните выравнивание через номер платежки в транзакции FB05, документ второй области в выписку подсуньте также руками (остатки и обороты там и так уже правильные), подмена этого поля - это не такое уж страшное преступление.

Ну и, наконец, если ничего не поможет, то и правда снимайте отметку через отладчик, а потом выравнивайте позицию и опять же подставляйте в FEBEP. Лично я не вижу никаких страшных последствий. Даже ни один Z-отчет не сломается (если есть такие, кто работает на FEBEP), потому что формально вся связь будет законной.

Дальше просто следите за пациентом. Если болезнь вернется, то тогда надо смотреть детально.

Позиция изначально действительно была выравнена с платежом. Затем выравнивание отменили. Позиция опять попала в прогон платежей. После этого платежку для нее удалили через F110 программа RFPYORDD. Однако платежка удалилась из таблиц Pyordh и Pyordp, но метка XPYPR не была снята из BSEG и BSIK. Я посмотрел программу метка XPYPR, т.е. UPDATE BSEG и BSIK, снимается до удаления записей из таблиц Pyordh и Pyordp. Так вот я не нашел ни одной причины, чтобы UPDATE не отработал, а записи из таблиц удалились. Видимо действительно какой-то баг c UPDATE произошел. Пока что не понятно как это исправить, так как я писал ранее ручная правка таблиц или изменение переменных под отладчиком недоступны и невозможны.

Попробуйте изменить любое редактируемое поле в позиции документа, типа SGTXT или ZUONR, и сохранить документ. Так неконсистентность по таблицам индексным можно убрать.

Если не поможет, надо просить полномочия, вы с этим доком ничего не сделаете, ни сторнировать его не сможете, ни выравнить, ни заново АПП прогнать. На SE37 тоже закрыты полномочия?

Если отладка совсем запрещена, можете написать мини прогу по очистке таких случаев. Тут будет вопрос уже как ее в продуктив тащить, но формально это не отладка.