Впервые сталкиваюсь с созданием строки поиска, возможно, упустила какой-то нюанс.

Задача состоит в том, что нужно найти ИНН в выписке (формат MT940 с структурированным 86 полем) и подставить его в поле FEBEP-INFO1.
ИНН лежит в 86 поле в подстроке 60, в качестве разделителя используется знак ?
Настроила строку поиска ?60##########
Мэппинг отрабатывает корректо, т.е. если подать значение ?606025000620?618430?62?63? то мэппится значение 6025000620, что верно.
Но при загрузке выписки в поле FEBEP-INFO1 попадает значение 2500062084

Подскажите, пожалуйста, как заставить записывать значение после первого числа 60?

У Вас 60 в строке встречается 2 раза, а ? по умолчанию - любой символ. Поэтому при загрузке выписки строка отрабатывает 2 раза, и в значение поля записывается черт знает что. Чтобы искать именно ?, нужно перед ним поставить escape symbol \.
Попробуйте настроить строку поиска
\ -> (пусто)
? -> (пусто)
6 -> (пусто)
0 -> (пусто)
# -> #
# -> #
# -> #
# -> #
# -> #
# -> #
# -> #
# -> #
# -> #
# -> #

Конечно подумали. Планировали создать к одной внешней операции 2 строки поиска для 10 символов в ИНН и 12 символов в ИНН для физлиц и ИП.
Попробовали настроить строку поиска, как вы советуете, система объединяет знаки \? в одном поле "Источник" и получается то же самое.
\? -> (пусто)
6 -> (пусто)
0 -> (пусто)
# -> #
# -> #
# -> #
# -> #
# -> #
# -> #
# -> #
# -> #
# -> #
# -> #

Примечательно, что с ИНН, которые начинаются на другие цифры (не 60) строка поиска не срабатывает вообще при загрузке, хотя при тесте мэппится как надо.
Написали user-exit, который просто берет все символы между ?60 и ?61

Загружаем как 86-структурированную.
Вы правы, похоже, причина именно в этом.
Если искать по цифровым строкам, то можем наткнуться на подстроку ?61, в которой хранится номер пп, который вполне может быть 10-значным.

Решили проблему user-exit'ом, который берет все цифры после ?60 и до ?61 (сколько бы их ни было) и кладет в FEBEP-INFO1