Подскажите, есть ли в Недвижимости операция, подобная логистической "Кредитовое авизо"?
Т.е. когда-то выставили счет фактуру арендатору, а теперь, спустя время нужно создать документ обратный счету-фактуре.

Конечно есть!!! куда же без кредитового авизо?

попробуйте поменять символы счета местами (дебет с кредитом) в настройке присвоения символов счета виду движения.
ну и чтобы совсем все аккуратно было можно настроить этот вид движения на отдельный выделенный вид документа Fi - который как раз и будет кредитовым авизо.

Кстати, по классике (но это в России не канает), нужно именно таким образом настраивать ссылочные виды движения связанные со снижением задним числом.