Подскажите новичку!
вопрос касается первичных и вторичных затрат. Правильно ли я понимаю, что вторичные затраты - всегда косвенные?
а первичные могут быть как косвенными, так и прямыми?

По-хорошему, нужен сначала уточняющий вопрос - прямые и косвенные в экономическом смысле или в определении НК РФ?
Насчет первичных правильно в обоих случаях.
Насчет вторичных - в некоторых случаях система вынудит вас использовать вторичные (например, перерасчет затрат на производственный персонал и амортизацию производственного оборудования на производственные заказы) для тех затрат, которые с точки зрения НК РФ являются прямыми расходами. В экономическом смысле все зависит от отнесения, например, этих затрат к прямым или косвенным в методике расчета себестоимости конкретного предприятия (приверженцы Голдратта, например, к прямым относят только расходы на прямые материалы).

Sapaplex, спасибо, исчерпывающий ответ.

По поводу разделения затрат на прямые и косвенные в экономическом смысле - есть небольшое теоретическое дополнение.

Поскольку при расчете себестоимости строится модель предприятия в виде Графа затрат, то отнесение затрат к прямым или косвенным определяется исходя из топологии этой модели, а не из состава затрат - материалы и т.п.
Можно почитать статью: Прямые и косвенные затраты http://graphcost.com/index.php/2014-04-06-10-53-13/2014-04-08-18-25-17/18-2014-04-08-16-54-48