Добрый день,
в силу известных причин (списания полуфабрикатов, а иногда и готовых изделий на МВЗ) мы тоже применяем несколько прогонов (обычно 4-5). С описанной проблемой сталкивались дважды: первый раз использовали в прогонах повторный расчет вместо сторно+расчет, затем эта же проблема возникла после установки ноты 1807713, но после долгой переписки с САПом она была решена.
Рекомендую посмотреть ноты:
1948075 - Initial cost component split for reversal of order settlement - исправляет проблему после 1807713.
632752 - Using the program MLCCS_KO88_TREATMENT1267277 - KO88: Cost comp split for activity types incomprehensible - улучшена логика вычисления сумм дифференциации
Удачи!