Нашёл ответ в этой теме:
viewtopic.php?f=6&t=50145&p=324321&hilit=%D0%BA%D0%BE%D0%BF%D0%B5%D0%B9%D0%BA%D0%B8#p324321Там изначально проблема была другая, но нота 727097 как раз поясняет почему копейки остаются только на некоторых МВЗ.
A rounding difference of 0.01 EUR remains, which must be allocated to a receiver. This rounding difference is distributed as follows in non-cumulative cycles:
1.The receiver which is last in alphanumeric sequence gets the rounding difference if its tracing factor is unequal to zero and if it is not a sender in another segment of the cycle.
2.If the last receiver does not fulfill these conditions, the first receiver to fulfil these conditions is searched for.
3.If none of the receivers fulfills the two conditions, the last receiver gets the rounding difference.
"Остаётся погрешность округления 0.01 Евро которая должна была уйти на получателя. В некумулятивных циклах погрешность распределяется в следующем порядке:
1. Получатель который является последним по порядку получает погрешность если ссылочная база у него не равна 0 и если он не является отправителем в другом сегменте цикла.
2. Если получатель не подпадает под эти условия то погрешность списывается на первый получатель который удовлетворяет этим условиям
3. Если ни один из получателей не подпадает под п.1 и 2 то погрешность списывается на последнего получателя."