Кто знает, подскажите, где нужно производить настройки выходных документов, чтобы создавать сертификаты качества к поставке?

А самому поковыряться в SPRO слабо?

Quality Management -> Quality Certificates -> Output Determination
Quality Management -> Quality Certificates -> Process Output

или по-русски:

Управление качеством -> Сертификат качества -> Выбор выходных документов
Управление качеством -> Сертификат качества -> Обработка выходных документов