В двух словах про архитектуру не расскажешь...
Все модули системы R/3 - интегрированы между собой. Это определено стандартом. На практике российского внедрения, как правило, оказывается недостаточно стандартной функциональности. Приходиться разрабатывать и дорабатывать.
SF - и есть доработка к PM.
Выбор модулей для внедрения - дело сугубо индивидуальное для предприятия. Джентельменский набор - это FI, CO, MM.
РМ - встречается в России гораздо реже.
"РМщика"
можно подключать на любом этапе внедрения, но лучше - на начальной стадии.
Ведь РМ может работать и автономно: основные его задачи - это учет работы, эксплуатации оборудования, своевременное проведение ремонтов и т.д.
По хорошему этот модуль должен интегрироваться и с основными средствами, и с персоналом, и с материалами и т.д.
Все зависит от проекта.