Удаляю выборочные данные по транзакции J3RTAXDE( в фоновом режиме) программа прерываеться и выдает сообщение класса CCIS/TAX 244 "Эту программу запускать на прямую не следует", а напрямую экран висит слишком долгое время и не отрабатывает. Подскажите пожалуйста выход, получаеться что выборочное удаление не всегда возможно?

А для чего вам необходимо запускать удаление именно в фоновом режиме?

Обычно всегда всё чётко отрабатывало

можно попробовать транзакцию GCDE

Попробуйте программу RGUREP03 (чз SE38), позволяет удалять документы FI-SL по номеру документа.

PS: работает и на больших объемах документов, номера документов можно достать транзакцией GD20