DEAD_MOROZ, могли бы подсказать в каком месте вставили точку расширения, и какие условия заложили?

Настроил процесс через изменение типа сообщения с запрещающего на предупредительный.
В этом случае получается сторнировать счет-фактуру, сторнировать документ Поступление материала, и после этого заново их проводить (если требуется скорректировать стоимость, количество и т.д.).
НО, если нужно провести сторно вплоть до удаления заказа на поставку - в таблице EKRS остается запись по этому заказу. В MRRL будет висеть непроведенный документ.
Собственно, как и было написано в сообщении выше.