Как выставить счет по правилам доплаты НДС, цена = сумме НДС и итог = сумме НДС, т.е. не суммируются цена и НДС

Дак и не надо так делать. Можно просто доплачивать недостающую сумму и выделять НДС по той ставке, которая действует на дату оплаты. Все подобные случаи были подробно разобраны на многих площадках, в том числе на Контуре.
1. Аванс в 2025, доплата в 2025, фактура в 2026. В 2025 ставка 22 не действует, ее юридически не существует. Поэтому и аванс, и доплата делаются по ставке 20. Несоответствие суммы НДС будущей сумме НДС из фактуры в данном случае ничего абсолютно не значит. Средства были авансированы в полном объеме. Далее при зачете с реализацией НДС с аванса просто будет показан в книге покупок по ставке 20. НДС из фактуры будет показан в книге продаж по ставке 22.
2. Аванс в 2025, доплата в 2026, фактура в 2026. Аванс в 2025 клиент оплатит по ставке 20. Доплату в 2026 регистрируйте по ставке 22. Фактуру регистрируйте по ставке 22. При зачете аванса с фактурой НДС с аванса будет показан в книге покупок дважды: один по ставке 20, второй по ставке 22. НДС из фактуры будет показан в книге продаж по ставке 22.
3. Фактура в 2026, постоплата в 2026, доплата в 2026. Здесь вообще все тривиально: все показывается по ставке 22. НДС с фактуры в книге продаж по ставке 22. НДС с аванса отсутствует, аванса нет.

Поэтому надо понимать, в какой момент и в каком объеме идет доплата, был ли аванс. Доплата в данном случае вызывает споры только при наличии аванса. Если аванса нет и оплата идет после реализации, то тогда доплата - это просто второй денежный транш, который закрывает обязательство в полном объеме. Если вопрос вообще касается технологии выставления счета, то стандартного ответа тут нет, потому что нет и стандартного функционала. Если счет печатаете на основе ТАП покупателю через Z, то я бы вообще (см. выше) сделал просто счет на доплату по ставке 22. Если при этом есть кусок аванса из 2025 года, то при втором куске сумма налога будет меньше 22 процентов, ДА. Однако я рассуждаю так: ФНС уже пояснила, что клиент мог вообще всю доплату сделать еще в 2025 году. А в 2025 году ставки 22 не существует. Таким образом, в книге продаж за 4 квартал компания с аванса все равно показала бы НДС по ставке 20, что было бы в любом случае меньше, чем по ставке 22. При применении схемы, которую я описал выше, значение будет средним: оно будет выше, чем при применении чисто ставки 20, но меньше, чем при применении ставки 22. Тем не менее я лично убежден, что это юридически трактуется мною верно и попадает в плоскость довольно очевидных расчетов: в каком году аванс, такая ставка и применяется. Все перекосы в любом случае будут устранены переворотами НДС с аванса в книге покупок, вы не примете к вычету больше, чем платили.