Подскажите, пожалуйста, как можно исключить ситуацию, и почему может быть такая вещь:
создается СФ, в ней проводим "Обновить-новый расчет цен", после чего сохраняем, всё так как нам надо, потом деблокируем СФ, и смотрим, а там все изменения сбросились (((???

Да всё что угодно может быть. Прежде всего, Z.
Для начала, попробуте вместо деблокирования просто пересохранить фактуру - цены пересчитываются? Кроме того, вы уверены, что в БД сохраняются именно те данные, которые вы видите на экране расчета цен?