Добрый день! У заказчика с нового года после установки пакета обновлений SAP_HR 608 / 95 bis A1 при обратном расчете в платежке все суммы начислений прибавляются и сразу вычитаются, и выплаты переходят в В-Период. На что можно обратить внимание? С чем это может быть связанно?

Что то вы совсем скромно обновились на июль 2021 года.
Уже после этого несколько пакетов обновлений вышло - там вполне могли исправить Ваши ошибки ( и добавить новых ).

Если здесь под платежкой понимается расчетный листок, то обычно +/- при перерасчетах говорит об изменения заполнении сплитов.

А так слишком мало информации предоставили. Ок, указали пакет на который перешли, а с какого?

Изменения по НДФЛ 15% установлены только сейчас? Если да, то вполне возможно из-за этого. Решение по НДФЛ 15% предполагает более глубокое сплитование на RUDAT - отдельный сплит на каждый исходный ВО начисления.
При перерасчете заполнение сплита CNTR2 точно измениться. И если в расчетном листке данные выводится без игнорирования этого сплита, то это будет выглядеть как +/-.