Доброго дня.

Транзакцию MASS всегда успешно применяли для изменений в сбытовых заказах.
Однако при использовании номеров заказов с типом L (Debit Note) MASS сообщила, что ей нечего выбирать.
Хотя эти заказы вполне легально сидят в VBAK и обрабатываются VA01/02/03.

Есть ли возможность исправить ситуацию и обработать такие заказы через MASS?

MASS позволяет обновлять только торговые документы с бизнес-объектами:
BUS2031 Предложение клиенту
BUS2032 Заказы клиентов
BUS2034 Контракт клиента

Запрос дебетования/кредитования - это BUS2094.

Свой инструмент придется делать.
Ну или заморочиться и запилить в MASS обработку BUS2094
Смотри транзакцию MASSOBJ.
Можно попробовать сделать копию, например BUS2032, и заменить ФМ MASS_SALESORDER_CHANGE на Z-ФМ.