Добрый день!
Подскажите, как удалить амортизацию по ОС по второй области оценки в закрытом году?
Если её приостановить, поменяв ключ,то при следующем прогоне амортизации предыдущие проводки не сторнируются.

Вы никак не сможете удалить амортизацию, начисленную в закрытом году. Только с помощью транзакции (например, AB01) соответствующим видом движения корректировки амортизации за прошлый финансовый год.