Добрый день!

Подскажите, пожалуйста, при частичном выравнивании через транзакцию F-44, не сохраняется документ выравнивания, появляется дополнительная позиция по счёту НДС. Почему она появляется и как это исправить?

Что за позиция? Какой KTOSL у нее?
Если это аванс, то могут появиться VVA, VST, это абсолютно нормально и правильно.
Другие позиции НДС при выравнивании счетов кредитора появиться не могут, потому что позиция кредитора не может выступать в качестве налоговой базы, только при наличии ОГК.
Какое сообщение? Класс, номер?

Выбор счета для операции ZDI в плане счетов не определен.
№ сообщения F5113

на перерасчётный счёт НДС садится копейка, которую списать не получается

Сам по себе ZDI (платежная разница) тут следствие, а не причина.
Появилась какая-то недонастроенная комбинация, в результате по документу нет балансировки.
Сумма разница удовлетворяет границам допуска, поэтому система не против списать их автоматически, но не находит счета.
Это один конец веревки. Другой конец в том, что сам по себе суммовой перекос в документе неверен.
Дайте скрин обзора позиций, когда система кидает error.
Или перечислите позиции со счетами ГК и суммами, а также укажите коды проводки или индикаторы дебета/кредита.
Я пока могу лишь предположить, что по ранее выданному авансу был верно настроен триггер перерасчетного кода НДС и операция VST, но потом настройку сломали. В результате при выравнивании VST выкручивается по коду налога, а триггер перерасчетного счета VVA (через SAKNR) ничего не дает. Или у Вас вообще не аванс? Что хоть выравниваете-то?