Добрый день,

При автоматическом выравнивании создаётся документ выравнивания без позиций. Но с 5.0 версии при активной новой главной книге такого не должно быть. Текущая версия 6.0.

Может, кто сталкивался с таким и сможет направить поиски в нужную сторону?

Документ выравнивания без позиций - это как раз норма. Это то, к чему нужно стремиться.
От системы это не зависит. Документ выравнивания с позициями (с красным сторно или без - в зависимости от активности бизнес-функции) формируется при несовпадении ключевых атрибутов. Если в документе выравнивания позиций нет, значит, все замечательно.

Смотрите в сторону сплитинга. Если он активирован, то даже при совпадении всех признаков в документе выравнивания создаются позиции.
Вероятно у вас он не активирован.

При пассивном сплиттинге позиции создаваться будут только в том случае, если есть несовпадающие значения признаков, настроенных для сплиттинга.
Иначе говоря, это все равно очень узкий случай. Нельзя утверждать, что пассивный сплиттинг = обязательно позиции в документе выравнивания.