сделали перемещение с одного завода с регистром материалов на другой завод с регистром материалов 301 видом движения. В результате ценовые разницы не распределились при фактической калькуляции. Подскажите, это стандартное поведение регистра? посоветуйте как распределить их нашей бухгалтерии?

Нет не стандартное поведение.
Но при закрытии требуется или одновременно оба завода в одном прогоне закрывать (закроется при многоуровнем расчёте), либо закрывать сначала завод с которого перемещаешь, а потом завод на который поступает.
Понятно что в обе стороны с заводов могут идти перемещения, поэтому мы по таким ОЗМ отдельно вручную, а не в общем прогоне делали закрытие регистра.

аналогично, закрывал в тесте вчера с завода1 на завод2 перемещение 301 ВДВ... если закрывать завод1 и только его, то разницы повисают в нераспределенных, если закрывать Завод1+Завод2, то всё хорошо передается