Обновляю (update) систему через Sofware Update Manager, завис в фазе shadow_import_inc стадии preprocessing. Как можно ускорить процесс?

Cтадия preprocessing на самочувствие пользователей не влияет и может идти "очень" долго.
Не зная на какой вы ОС,платформе и т.д - сложно что-то рекомендовать.
У себя на AIXe я бы перекинул с других партиций памяти и СPU,
на Oracle можно было бы отключить archivelog моду...
ну и конечно как обычно, всё равно всё упрётся в скорость СХД.

P.S. imho, на мой взгляд беспокоиться об уменьшении времени preprocessinga - лично я бы не стал, как по мне: запустил, нехай себе крутится...