Подскажите:
- выдана заявка под проекта (автоматически создана в тр.CJ20N)
- исключается стандартная цепочка - договор, заказ на поставку, поступление- материал есть на складе
- как и где будет видно, что данный материал, перемещенный в запас проекта, под данную заявку(где будет видно, что заявка выполнена).

Буду очень рада, получив ответ.

Если переместить материал в запас проекта, то заявки на закупку, созданные автоматически из cj20n (как и любые другие) не закроются, и эти заявки так и останутся «висеть» открытыми.

Мы обычно настраиваем так чтобы в cj20n создавалась не заявка, а резервирование, тогда при выполнении ППМ создаётся заявка на закупку. Если материал переместить в запас проекта, то после выполнения ППМ заявка на закупку уменьшится.

Не могу сказать точно - никогда не приходилось это использовать, да и проверить сейчас нет возможности, но есть, на мой взгляд, интересная возможность "Планирование суммарной потребности":
http://help.sap.com/saphelp_erp2005/hel ... ameset.htm

созданные автоматически заявки на закупку можно вручную закрыть, указав "Выполнена" на вкладке "Количества и и сроки" заявки на закупку.

Когда вы говорите "выдана заявка" вы имеете в виду заявку на закупку (me53n)? Или сетевой график (cn23)?
Если сетевой график - то после списания со ссылкой на данный сетевой график он будет считаться выполненным.
Если заявка на закупку - то никогда, т.к. запас на складе не влияет на заявку на закупку. Разве что ППМ ругнется.
Ее можно либо закрыть вручную, как советует nonimp, либо преобразовать в заказ на поставку.
Вообще, смотрите md04.