На самом деле проблема у тебя в том, что вести раздельный учет запасов по коробкам различной вместимости(в данном случае только количественный) - и просто заведением нескольких новых единиц измерений не обойтись.
Партии у вас уже задействованы. Но можно и к партиям подойти по другому - классифицировать каждую партию, а те характеристики по которым вы делите на партии перенести в признаки - но здесь стопудово придется переписывать отчеты.
Следующий вариант - если это не единичный случай, т.е. такие ситуации встречаются довольно часто - то, имхо, складской учет (WM) решит эти проблемы. Но это потребует конечно определенных напрягов: тут и настройки, и обучение пользователей и т.д. и т.п.
Далее, использование особых запасов - например, запасов проектов - и хотя это и работающий вариант, но название СПП типа - Коробка, вмещающая 4 штуки ...