Добрый день.
Есть ли какая-нибудь возможность при проведении документа в МИГО получить промежуточные итоги по столбцу количество?

Только если наабапить zmigo в стиле ALV (для частных случаев вполне посильная, кстати, задача)

Стандартно в MIGO вывести сумму нельзя, также проверил старую транзакцию (MB01) в ней тоже эта возможность отсутствует.

Из стандартных альтернатив, только создание входящей поставки (VL31N). В нее же вводим фактически принимаемое кол-во, сохраняем документ.
И перед проводкой поступления материала, открываем отчет VL06I, и там по столбцу кол-во может быть построена сумма.

Согласен что в приходе еще как-то можно посчитать итоги, а если это списание

Попробуйте в MIGO добавить закладку в заголовке, на которой нужное поле заполнять суммой количеств из позиций экранной таблицы.

Это через MB_MIGO_BADI ?

Да, примеры реализации в нете найдете. Если нет - могу выслать.