Добрый день!

На предприятие часто возникают пересчеты за прошлый год, с точки зрения расчетчика эти суммы должны учитываться в текущем году, а программа относит их к году для которого был пересчет. Можете помочь, подсказать, кто в данной ситуации прав, расчетчик или программа? И если прав расчетчик хоть намекните как можно перенастроить систему под его требование?

Если вы про НДФЛ, то это зависит от того, как у вас трактуется 223 статья НК РФ.
По ЕСН все пересчеты в текущий падают.
Сами же суммы пересчета начислений должны учитываться в периоде, в котором пересчет инициирован.
Для средних учет должен производится в периоде, за который был получен доход, т.е. средняя должна скорректироваться при пересчетах.