Здравствуйте.

Не смог найти заполнение поля дополнительной профессии в Т-2 (DATA-SPROF). У кого-нибудь используются на предприятии дополнительные профессии? Как храните?

У нас используются.
Храним в квалификациях (PD).

Храните своим справочником или как-то привязали к C объекту?

Справочник свой, а-ля
0001 Плотник
0002 Плиточник
0003 Автокрановщик
... и т.д.

А чем отличается дополнительная профессия от основной?

Наводящий вопрос: чем отличается второе высшее образование от первого или третьего?

Доппрофессию получают в основном рабочие. Подтверждается удостоверением установленного образца, что такой-то имеет право работать по такой-то специальности, по таким-то работам.