В компании принято повторно принимать (или переводить) с тем же таб.номером. Но нескольких приняли с новыми и считали (полгода) параллельно. Как корректно их объединить (особенно с учётом регресса ЕСН)?

В стандарте - никак. Варианты следующие:
1. Дотачиваем схему до использования внутренних совместителей (перекидывание баз на основной табельный и т.п.). Цепляем этих товарищей чере ссылочные табельные. Трудозатраты - где-то неделя-другая
2. Выключаем старый табельный из расчета, базы закидываем руками через 293Ит + доп.обработка схемы либо через загрузку исторической зарплаты.
3. Заставляем корректно перевести человека по старому табельному номеру, проделать руками все мероприятия и т.п., новому вводим минусовые суммы во все месяца. Пересчитываем. Но проверить потом проводки и отчетность, особенно ту, что InPeriod настроена.