Не верно! Например, судьи конституционного суда получают доп.отпуск в раб.днях.
Другое дело, что переводить их нужно в календарные, чтобы потом корректно оплачивать.
Вот на этот счет и письмо есть:
Письмо Минтруда РФ от 1 февраля 2002 г. N 625-ВВ

Письма - они рекомендательный характер носят. Посмотрите первичку в виде Т-6, там не идет речь о рабочих днях. Т.е. переводим всё принудительно в календарные и не парим себе моск.

настроить можно, для этого в правиле подсчета номера сделали.
А нужно ли - не знаю?

Вот чтобы не парит себе моск и было выпущено письмо, дабы каждый не городил новый огород. Если вы найдете ФЗ, который говорит, что письмо МИНТРУДА носит рекомендательный характер, - буду признателен.

А каким образом следующий номер в правиле подсчета поймет, что ему нужно считать подругому? Через правило использования лимита?

Именно так, через следующий номер в зависимости от типа дня (и других условий) можно привязать разные правила использования лимитов

Полагающиеся дни для отпусков за вредные и опасные условия труда по законодательству определены в рабочих днях по шестидневке. Т.е. лимит надо ввести в рабочих днях по шестидневке, а оплачивать в календарных днях.
http://www.infoshare.ru/files/programmy/prava_chela/article/art_pismo_mintruda_1_fevr_2002_625_bb.htm?PHPSESSID=bd572331e7136faf32bd779f33d05b29

немножо опоздал