Добрый день!
Это нормально, что САП дает принимать сотрудника на штатную должность со статусом вакансии "Занята/Включена в резерв"? Или где-то есть соответствующий переключатель, чтобы так нельзя было сделать?

Нормально.
Иногда это необходимо. Например временно принять человека на место дикретчицы или длительно болеющего сотрудника.

Для этих целей лучше делать разработку, которая будет процент занятости у декретницы корректировать