Добрый день! Один и тот же вид оплаты в одной БЕ нужно проводить на балансовый счет, в другой на затратный.
PPMOD как я понимаю срабатывает только если вид оплаты идет строго на один вид счета.
Есть ли какие-либо варианты решения этой проблемы?

Подменить символический счет через badi SMOD_PCPO0001 (метод EXIT_RPCIPE00_001).

А как быть с МВЗ ?
Если счет балансовый и мы подменим его на затратный - МВЗ появится?
И наоборот, если счет затратный, замещаем на балансовый. МВЗ не должно быть.

Это зависит от настройки Вашего CO, не от символического счета.

Замещение, которое будет из затратного счета балансовый делать. Но лучше так не делать.
BADI на HRной стороне или PPMOD не поможет.