Можно ли в системе ограничить вид оплаты по балансовой единице (разделу персонала)? Чтобы, например в допплатеже, его видели и могли использовать сотрудники только определенной балансовой единице (разделу персонала),

Сам по себе вид оплат по БЕ/разделу персонала не ограничивается. Но ограничить использование вида в ИТ0015 в зависимости от раздела персонала - да, это можно.

В спро - Менеджмент персонала - Администрирование персонала - Данные расчета зарплаты - Дополнительный платеж - Проверка каталога видов оплаты -ОпределДопустВидаОплаты по КаждПодраздПерсонала и КатегСотрд.

Аналогично можно настроить и для Ит0014.

то есть никак

Если на каждый раздел персонала своя роль, то в объекте P_ORGIN для ИТ14,15 перечислить допустимые подтипы для данного раздела персонала.

P_ORGIN попробую, должно получиться