Если загружаю данные из файла, то какую лог. систему надо выбирать в rsa1->Исх. системы->FILE->Создать

А что за вопрос? Да, для загрузки из файла должна быть создана соответствующая исходная система по указанному Вами способу

Просто в подбросе вываливаются все abap-соединения из SM59 - какое выбрать не пойму.

а что-такое подброс? У меня создается без проблем без всяких RFC. Может указали неверно тип системы (пусто)? Может саму Bw не до конца настроили...