А не могло возникнуть ситуации, что цель данных удалена в системе, но очередь загрузки в системе R/3 не удалена (RSA7, SMQ1, SMQ2)? И во время переноса, система активировала новую цель данных, но из-за присутствия очереди, оставила ссылку на старую. В связи с этим при попытке загрузки и возникает данный трабл? Повлияет ли удаление цели данных на очередь, т.е. она автоматически грохнется или возникнут проблемы?

Раскопать-то уже раскопали, а для удаления, как я понимаю, используется ФМ RSAU_UPDR_DELETE или метод DELETE объекта класса CL_RSAU_UPDR, в котором тоже вызывается этот ФМ. Инфа чисто теоретическая, сам я так делать не пробовал, и вас не агитирую.

Большое спасибо. Вот он, спаситель: ФМ RSAU_UPDR_DELETE.
Удалил инфо-источник из таблицы RSUPDINFO и всё заработало.