При загрузке данных в куб загрузка падает, в описании ошибки нашел запрещенный символ (hex-код 04)- end of transmission - конец передачи. Решить проблему аналогично символа перевода каретки или ввода с помощью класса CL_ABAP_CHAR_UTILITIES не получается (нет символа eot).

А в кубе признак без мастер-данных получается? //раз вы ошибку при загрузке в куб увидели...

Может исправить в исходной системе?

Ну либо как то так...

Проблема в том, что в подпрограмме запуска трансформации нельзя объявлять переменные типа X (hex). Константы можно, а переменные нет, потому как чтобы заменить символы, исходную строку сначала необходимо преобразовать в hex

Вызывайте в подпрограмме запуска функциональник, в котором на входе/выходе будет текст, а внутри всяческие замены.